No Japão do final do século 16, senhores feudais lutam entre si e assolam o país com guerras sangrentas. O samurai Miyamoto Usagi já sobreviveu a muitas batalhas e carnificinas, mas agora o seu senhor está morto. Enquanto seus pares se voltam para o crime ou tornam-se mercenários, Usagi escolhe o caminho da peregrinação, viajando pelo país e lutando contra a injustiça.

A HQ "Usagi Yojimbo: Sombras da Morte" acompanha uma aventura de Usagi com seu amigo Gen e as Tartarugas Ninjas. Eles se juntam para proteger um sensei ancião contra as investidas de um maligno clã ninja. Esta edição traz ainda as aventuras do jovem Usagi.