Meio século após a resistência Red Faction ter libertado Marte, o planeta vermelho transforma-se novamente num campo de batalha. Colonos lutam pela sobrevivência nas minas subterrâneas depois que a superfície se tornou inabitável. E, quando Dario Mason, neto do revolucionário Alec Mason, liberta acidentalmente um mal há muito adormecido, o Armageddon se espalha por Marte. Somente Dario e o Red Faction podem salvar a humanidade que reside por lá, e a batalha os levará ao centro da tempestade que sopra a destruição para dentro das cavernas.