Barcelona, 1957. Daniel Sempere e seu amigo Fermín, os heróis de A sombra do vento, estão de volta à aventura para enfrentar o maior desafio de suas vidas. Já se passa um ano do casamento de Daniel e Bea. Eles agora têm um filho, Julián, e vivem com o pai de Daniel em um apartamento em cima da livraria Sempere e Filhos. Fermín ainda trabalha com eles e está ocupado com os preparativos para seu casamento com Bernarda no ano-novo. No entanto, algo parece incomodá-lo profundamente.

Quando tudo começava a dar certo para eles, um personagem inquietante visita a livraria de Sempere em uma manhã em que Daniel está sozinho na loja. O homem misterioso entra e mostra interesse por um dos itens mais valiosos dos Sempere, uma edição ilustrada de O conde de Montecristo que é mantida trancada sob uma cúpula de vidro. O livro é caríssimo, e o homem parece não ter grande interesse por literatura; mesmo assim, demonstra querer comprá-lo a qualquer custo.

O mistério se torna ainda maior depois que o homem sai da loja, deixando no livro a seguinte dedicatória: "Para Fermín Romero de Torres, que retornou de entre os mortos e tem a chave do futuro". Esta visita é apenas o ponto de partida de uma história de aprisionamento, traição e do retorno de um adversário mortal. Daniel e Fermín terão que compreender o que ocorre diante da ameaça da revelação de um terrível segredo que permanecia enterrado há duas décadas no fundo da memória da cidade.

Ao descobrir a verdade, Daniel compreenderá que o destino o arrasta na direção de um confronto inevitável com a maior das sombras: aquela que cresce dentro dele. Transbordando de intriga e emoção, O prisioneiro do céu é um romance em que as narrativas de A sombra do vento e O jogo do anjo convergem e levam o leitor à resolução do enigma que se esconde no coração do Cemitério dos Livros Esquecidos.